Fakultas Teknik dan Sistem Informasi yang terdiri dari Program Studi Teknik Sipil dan Sistem Informasi sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 204/D/O/2010 tanggal 9 Desember 2010 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi Teknik Sipil dan SK Menteri Pendidikan Nasional Nomor 123/E/O/2011 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi Sistem Informasi Tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program-Program Studi Baru di Universitas Yapis Papua yang diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) di tanah Papua.