Fakultas Teknik dan Sistem Informasi Universitas Yapis Papua didirikan pada tahun 2010 dengan Program Studi Teknik Sipil berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional Nomor 204/D/O/2010 tanggal 9 Desember 2010 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi Teknik Sipil.

Pada tahun 2011 dibuka Program Studi baru, yaitu Program Studi Sistem Informasi sesuai SK Menteri Pendidikan Nasional Nomor 123/E/O/2011 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Studi Sistem Informasi.